Fokus cerita ada pada siswa SMA bernama Shinichi Izumi.
Suatu hari ketika akan tidur tiba-tiba ada sebuah Mahluk aneh yang hendak memasuki telinganya, namun gagal lantaran Izumi sedang asik mendengarkan lagu melalui earphonenya.

Mahluk aneh tersebut mencoba beberapa kali memasuki dan berniat mengontrol tubuh Izumi, namun tetap saja gagal dan hanya dapat mengambil alih tangan Izumi.

Izumi yang pada awalnya ketakutan mulai terbiasa dan berteman baik dengan mahluk aneh seperti parasit yang ia beri nama Migi tersebut.

Keberadaan Migi ditangan Izumi membuatnya memiliki kekuatan super, namun berdampak dengan emosi yang ia punya perlahan menghilang.

Disamping itu mereka berdua juga harus berurusan dengan Parasit lain disekitar mereka yang mengambil alih tubuh manusia lain.