Memasuki tahun 2043, ada sebuah game bernama Infinite Dendrogram, VRRMO dengan berbagai fitur canggi pertama yang dirilis saat itu.

Game ini mampu mensimulasikan tubuh manusia secara sempurna. Selain itu, Infinite Dendrogram menawarkan segala hal yang bisa dilakukan oleh sang pemain tanpa batas maksimal.
Setelah dua tahun sejak perilisannya, tepatnya tahun 2045, Reiji Mukudori memutuskan untuk memainkan game tersebut. Karena ia belum mengetahui seluk beluk dari dunia tersebut, Reiji meminta bantuan kakaknya Shuu untuk mengajarkannya.

Selain Shuu, Reiji dibantu oleh Embryo bernama Nemesis. Sekarang mereka bertiga kini memulai perjalanan untuk menjelajahi berbagai hal yang ada di Infinite Dendrogram. Lalu, bagaimana perjalanan mereka sepanjang game tersebut?