Anime yang merupakan adaptasi dari Visual Novel ini mengambil latar di sebuah asrama sekolah yang ada dalam dunia setelah kematian (‘Afterlife‘), dimana populasi manusianya kebanyakan merupakan murid sekolah menengah.

Disini mereka belajar untuk menyerah atau menerima penyesalan serta beban yang mengganjal agar bisa kembali ke kehidupan selanjutnya atau ke dunia nyata untuk hidup kembali. Meskipun luka yang diderita ketika didunia nyata hilang, namun di dunia ‘Afterlife‘ ini mereka masih dapat merasakan rasa sakit yang sama ketika masih hidup.

Cerita berfokus pada Yuzuru Otonashi, siswa SMA yang kehilangan ingatannya sewaktu masih hidup, di dunia ini Otonashi bertemu dengan Yuri Nakamura dan bergabungan dengan Shinda Sekai Sensen (SSS), sebuah kelompok yang bertujuan melawan Dewa karena sudah membuat realita kejam di dunia nyata. Musuh utama mereka ialah ketua OSIS bernama Tachibana Kanade, gadis berkekuatan misterius yang SSS yakini merupakan asosiasi dari Dewa.