Tepatnya enam ribu tahun sebelum Sora dan Shiro tiba di Disboard, perang antar ras dialami mahluk yang ada di dunia ini, memecah belah surga, menghancurkan bintang, dan bahkan berniat menghabiskan seluruh ras manusia.
 
Untuk menhentikan kekacauan dan pembasmian umat manusia tersebut, seorang bocah laki-laki bernama Riku mempimpin ras manusia yang tersisa untuk berahan hidup dari ancaman ras lain dengan bersembunyi serta berpindah-pindah dari satu tempat ke tempat lain.
 
Suatu hari, di dekat bangunan kuno bekas markas Elf, Riku bertemu dengan Shuvi, robot android perempuan dari ras “Ex-machina” yang meminta Riku mengajarinya apa saja yang dibutuhkan untuk bisa memahami hati manusia.