Akademi Honnouji adalah akademi yang terletak di Tokyo Bay, Jepang. Sekolah ini didominasi oleh para OSIS yang diketuai oleh Satsuki Kiryuin.

Para anggota OSIS disegani seisi sekolah karena mengenakan sebuah seragam yang membuat pemakainya mendapatkan kekuatan melebihi manusia normal biasa karena didalamnya terdapat material spesial yang terbuat dari benang kehidupan.

Fokus cerita ada pada siswi pindahan nekat bernama Ryuko Matoi. Ryuko juga mempuyai sebuah gunting dimana dengan gunting tersebut dirinya dapat memotong kain dari seragam yang dipakai anggota OSIS.

Ryuko kemudian memutuskan menaklukan seisi Akademi Honnouji guna memecahkan misteri seseorang yang membunuh ayahnya.