Anime yang diadaptasi dari Visual Novel dengan judul yang sama ini mengambil tempat di Akademi Privat Hikarizaka, sebuah sekolah fiksi yang ada di Jepang.

Tokoh utama yaitu Tomoya Okazaki, si brandalan yang awalnya tak mempunyai gairah bersekolah hingga kemudian bertemu dengan Nagisa Furukawa seorang gadis yang sudah lama tak masuk sekolah karena baru pulih dari sakit yang dideritanya.

Tomoya kemudian tertarik dengan kepribadian Nagisa dan perlahan-lahan menjadi dekat dan ingin lebih mengetahui tentang Nagisa.

Dari cerita Okazaki dan Nagisa terdapat juga dunia ilusi yang hanya ditinggali gadis kecil yang kemudian membuat sebuah mainan dari kain yang kerap kali gadis tersebut ajak bicara.