Bercerita tentang kelompok perompak bernama ‘Lagoon Company’ yang melakukan pekerjaan-pekerjaan kotor disekitar laut Asia tenggara.
 
Pusat operasi mereka berada di Roanapur, sebuah kota fiksi yang ada di Thailand.
 
Okajima Rokuro adalah seorang karyawan biasa yang dijebak oleh atasannya dan kemudian memutuskan untuk bergabung di Black Lagoon.
 
Disini Okajima mendapat sebutan Rock dan harus hidup berbanding terbalik dengan keseharian hidupnya dari yang sebelumnya seorang karyawan kantoran menjadi seorang perompak.
 
Setiap harinya Okajima harus terlibat bersama brandalan, gengster, polisi korup, penjahat dan bahkan sindikat mafia asal Rusia dimana kerap kali segala sesuatu nya berakhir dengan kekerasan, bunyi pelatuk senjata serta pertumpahan darah.