Di masa depan kini manusia harus takluk oleh kekejaman sebuah parasit yang bernama Gastrea. Parasit-parasit tersebut bahkan sudah mempunyai teritori mereka sendiri dan semakin hari mulai menyebar serta menyusup ke daerah penduduk.

Rentaro, adalah seorang bocah yang hidup dekat Tokyo dan juga merupakan anggota dari “Civil Security”, sebuah organisasi yang dibentuk untuk menumpas Gastrea.

Rentaro bersama dengan partnernya Enju si loli tsundere kemudian bertarung bersama menumpas Gasrea dengan kekuatan spesial yang mereka dapatkan.

Setelah mereka mendapatkan tugas dari pemerintah, kini mereka harus mencegah kehancuran Tokyo dari serangan Gastrea yang kini mulai agresif memperluas teritorinya.