Tepatnya tahun 1972, murid dambaan dan panutan kelas 3-3 di sekolah menengah Yomiyama bernama Misaki tewas mengenaskan karena suatu insiden, murid-murid lain yang tak bisa menerima kematian Misaki memutuskan untuk menganggap Misaki masih hidup sampai-sampai membawa bangku yang Misaki biasa tempati pada perayaan kelulusan, kejadian tersebut bertambah aneh ketika terdapat sosok Misaki pada saat pengambilan gambar, padahal Misaki sudah dikubur dan dimakamkan jauh sebelum kelulusan.
 
26 tahun setelah insiden tersebut, tepatnya musim gugur 1998, muncul seorang murid pindahan bernama Kouichi Sakakibara, dirinya penasaran dengan atmosfir gelap dan mencekam yang dialami seisi kelas dan mulai mencari tahu kebenaran serta misteri tentang masa lalu kelas ini.
 
Yomiyama kemudian bertemu dengan Mei, gadis penyendiri yang menggunakan penutup mata yang juga kehadirannya di kelas bagai tak dianggap serta dihiraukan seisi kelas. Entah karena hal apa, perlahan-lahan kejadian misterius, kecelakaan dan tragedi demi tragedi mulai dialami seisi kelas.