Berlatar di sebuah tempat bernama Akademi Kamome, ada rumor yang menyebar tentang Tujuh Misteri Sekolah, salah satunya adalah keberadaan hantu perempuan bernama Hanako-san.
Katanya, jika ada seseorang yang berhasil memanggil Hanako-san di toilet ketiga gedung sekolah lama, maka segala permintaannya akan dikabulkan oleh hantu Hanako-san.

Mengetahui rumor keberadaan Hanako-san, Nene Yashiro seorang gadis yang tertarik dengan ilmu gaib mendatangi toilet yang disebut angel tersebut. Sesampainya disana, Nene terkejut karena yang ia dapati bukanlah Hanako berwujud perempuan, melainkan laki-laki bernama Hanako-kun.

Kini, Nene dan Hanako-kun telah terlibat dalam berbagai masalah yang harus mereka selesaikan. Mampukah mereka melakukan tugas tersebut atau tidak?